La Directiva Hàbitat té com finalitat la protecció de la resta de les espècies silvestres i els seus hàbitats. El seu objectiu és contribuir a conservar la biodiversitat europea, mitjançant l’establiment d’una xarxa ecològica i un règim jurídic de protecció de les espècies silvestres. Identifica al voltant de 200 tipus d’hàbitats, unes 300 espècies animals i gairebé 600 espècies vegetals com d’interès comunitari, i estableix la necessitat de protegir-los, per a això obliga que s’adoptin mesures per a mantenir-los o restaurar-los en un estat favorable de conservació. Correspon als Estats membres de la UE determinar les seves zones especials de conservació i establir, si escau, plans de gestió que combinin la seva conservació a llarg termini amb les activitats econòmiques i socials.
La Directiva crea una xarxa ecològica coherent de zones especials de conservació amb el nom deNatura 2000, que també inclou les zones de protecció especial designades d’acord amb la Directiva Aus. La xarxa estarà formada per zones que alberguin tipus d’hàbitats naturals relacionats en l’annex I i espècies de plantes i d’animals incloses en l’annex II de la Directiva. Els criteris científics per a determinar les zones que s’inclouran en la xarxa figuren en l’annex III. La Directiva insta a designar àrees de conservació, establir vincles funcionals amb la matriu territorial que les envolta i mantenir la coherència ecològica de la Xarxa.
A més, estableix un sistema de protecció global de les espècies silvestres. En l’annex IV de la Directiva es relacionen les espècies d’animals i plantes d’interès comunitari que requereixen una protecció estricta fins i tot fora de la xarxa Natura 2000. Igual que la Directiva Aus, la Directiva Hàbitat regula l’explotació de les espècies: en l’annex V figuren les espècies d’interès comunitari la captura de les quals en la naturalesa i explotació poden veure’s sotmeses a mesures de gestió. En l’annex VI figura una llista dels mètodes i mitjans de captura i sacrifici i les maneres de transport prohibits per a la caça. El valor d’aquesta Directiva per a la conservació de la biodiversitat estreba bàsicament en dos aspectes. D’una banda, considera als ecosistemes i als hàbitats de determinades espècies com elements clau per al manteniment de la diversitat biològica de la UE, i els converteix en l’objecte central de la política comunitària de conservació de la naturalesa, superant l’estratègia tradicional d’actuació sobre espècies aïllades. I, per un altre, introdueix un concepte nou d’importància cabdal: els valors ecològics del territori comunitari constituïxen un factor primordial que cal tenir en compte en la planificació i la instrumentació d’altres polítiques sectorials
